Las Secretarías de la Facultad de Ciencias Médicas dependen del Decano y tienen la función de planificar y ejecutar múltiples actividades relacionadas con la vida académica. Sus titulares son nombrados por el Consejo Académico a propuesta del Decano.
Los docentes que están a cargo de las secretarías de Asuntos Académicos, Asuntos Estudiantiles, Docente Asistencial, Extensión Universitaria y Ciencia Técnica, mantienen una fluida comunicación con los estudiantes, docentes, representantes de otras instituciones y con la comunidad en general.
Las oficinas de las secretarías se encuentran en la sede central de la Facultad de Ciencias Médicas, junto a las oficinas del Decano y de la Vice decana.